Передаваемая доля в праве на недвижимость - это не имущество "вместо алиментов", а разновидность алиментов. А договорённость, о которой Вы пишете, является соглашением об уплате алиментов (ст. 99-105 Семейного кодекса РФ). Поэтому оно может быть признано недействительным в тех же случаях, что и любой другой договор, соглашение (п.1 ст. 101 Семейного кодекса РФ, ст. 168-181 Гражданского кодекса РФ) плюс ещё в одном случае - если оно будет существенно нарушать интересы ребёнка (ст. 102 Семейного кодекса РФ). Такое бывает, но достаточно редко, многое зависит от конкретных условий соглашения. Если квартира пригодна для проживания и стоимость Вашей доли сравнима с тем, что мог бы получить ребёнок от Вас до совершеннолетия в обычном порядке исходя из сегодняшнего уровня Ваших доходов, то вероятность признания соглашения недействительным низкая, но заранее точно утверждать никогда нельзя, поскольку случаи бывают разные. Если всё же такое произойдёт, то, поскольку от уплаты алиментов Вы не уклоняетесь, алименты за прошедшее время смогут взыскать не более чем за три года, предшествующие предполагаемому обращению бывшей супруги в суд с требованием уплатить алименты в обычной форме (ст. 107 СК РФ).
Также обратите внимание, что кроме признания сделки недействительной, её можно расторгнуть через суд (т.е. прекратить её действие только на будущее время). В частности, соглашение об уплате алиментов можно изменить или расторгнуть в случае существенного изменения материального или семейного положения сторон (п.4 ст. 101 СК РФ) (например, рождаются другие дети, серьёзно изменяется уровень доходов и т.п.).
Регистрацию права собственности на долю лучше производить на имя ребёнка, а не бывшей супруги, чтобы не было сомнений, что алименты фактически предоставлены именно ребёнку.