Согласно пп. 2 п. 1 ст. 220 НК РФ, при определении размера налоговой базы налогоплательщик вправе получить имущественный налоговый вычет в сумме, израсходованной им на приобретение на территории РФ, в частности, квартиры, в размере фактически произведенных расходов в пределах максимально установленного размера имущественного налогового вычета, а также в сумме, направленной на погашение процентов по целевым займам (кредитам), полученным от российских организаций или индивидуальных предпринимателей и фактически израсходованным им на приобретение на территории РФ указанного имущества.
В соответствии с пп. 2 п. 1 ст. 220 Налогового Кодекса при определении размера налоговой базы налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в сумме фактически произведенных налогоплательщиком расходов, но не более 2 000 000 руб без учета сумм, направленных на погашение процентов.
В соответствии со ст. 220 НК РФ, имущественный налоговый вычет, не применяется в случаях, если оплата расходов на строительство или приобретение жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них для налогоплательщика производится за счет средств работодателей или иных лиц, средств материнского (семейного) капитала, направляемых на обеспечение реализации дополнительных мер государственной поддержки семей, имеющих детей, за счет выплат, предоставленных из средств федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов, а также в случаях, если сделка купли-продажи жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них совершается между физическими лицами, являющимися взаимозависимыми в соответствии со статьей 105.1 Налогового Кодекса.
Согласно Письму Министерства Финансов РФ от 16.12.2011 N 03-04-05/5-1056, имущественный налоговый вычет может быть применен к сумме расходов на приобретение квартиры, уменьшенных на сумму субсидии, полученной из бюджета.
Однако, данный вопрос является спорным, так как отдельные налоговые органы отказывают в предоставлении налогового вычета по военной ипотеке, мотивируя тем, что денежные средства на погашения кредита перечисляются Министерством Обороны, и в соответствии со ст.220 НК РФ имущественный налоговый вычет не применяется, другие же предоставляют, объясняя тем, что денежные средства военнослужащего накапливаются на счете Министерства Обороны, а оно просто перечисляет их в банк.
В судебной практике этот вопрос однозначно не решён. Да этой практики и не много. Минфин в этих вопросах, конечно, не высшая инстанция - суд может считать и по-другому. Но тут вопрос ещё в другом. В такой ситуации, если вычет и дадут на 2 млн.+проценты, то есть определённый риск, что через некоторое время это решение будет пересмотрено (не обязательно по инициативе самой налоговой - может быть, например, и по инициативе прокуратуры), и базой для вычета останутся 500 тыс.+проценты. Это не обязательно так будет, но не исключено, так как закон в этом отношении не ясен, а сложившейся судебной практики ещё нет. Насколько разумно в Вашей ситуации рисковать получить лишь четверть вычета, который даётся только один раз, - это Вам решать. По крайней мере, думаю, есть смысл подождать хотя бы год-два в надежде на появление большей ясности. Хотя, конечно, какая к тому времени будет покупательная способность той же суммы вычета, - это уже другой вопрос, не юридический.
